„Pingwiny z Madagaskaru” to opowieść o trzech pingwinach: Skipperze, Kowalskim i Ricu, którzy przypadkowo natykają się na jajo z którego wykluwa się mały ptak-nielot, Szeregowy. Po 10 latach, na światową scenę wkracza dr Oktawiusz Mackiewicz, który przybiera postać ośmiornicy zwanego Dave’em. Jego planem jest podbicie świata i zniszczenie wszystkich nielotów. Pingwiny postanawiają połączyć siły ze zespołem Północny Wiatr, aby powstrzymać Dave’a przed osiągnięciem jego złowrogich celów. Jeśli im się nie uda, świat będzie należał do ośmiornicy.